1202-ben VI. Lipót osztrák herceg, Stájerország hercege adományozta a Lilienfeldi kolostort a Cisztercieknek „Isten dicsőségére és a Szűz Mária Istenanya tiszteletére”. VI. Lipót részt vett II. András magyar király keresztes hadjáratában a szentföldön, melyről értékes szent kereszt ereklyével tért vissza, melyet az apátságnak adományozott, ez az ereklye ma is nagyra becsült kegytárgya a kolostornak. Halála után VI. Lipót herceget akolostorban temették el. Lilinefeldben, a többi középkori ciszterci kolostorhoz hasonlóan értékes kódexek és kéziratok készültek és maradtak fent. A Lilienfeldi kolostorban őrzik többek között a XIV. sz-ban itt készült, gazdagon illusztrált Concordantiae Caritatis-t és a szintén a XIV. században, a Christianus Campililiensis szerzetes által írott számos költeményeket, himnuszokat és szekvenciákat tartalmazó kéziratot. A XVI. században drasztikusan visszaeset a szerzetesi élet Lilienfeldben, mely csak az ellenreformáció idején a XVII. században virágzik fel ismét. 1683-ban a törökök sikertelenül próbálják meg elfoglalni a megerősített kolostort, ahol a nagyszámban leltek menedéket a környéken élő emberek. A XVII. században a középkori kolostort számos barokk épülettel bővítik, a XVIII. században épült a barokk torony és a barokk könyvtár. II. József császár a kolostor 1789-ben bezáratja, de utóda II. Lipót 1790-ben újjáéleszti. 1810-be hatalmas tűzvész elpusztította a kolostor nagy részét. 1826-ban létesült a kolostor ritka és egzotikus növényeket tartalmazó botanikus kertje. 1902-ben ünnepelte a kolostor 700 évfordulóját, mely alkalmából ingyenes kórházat létesítenek. A II. világháború alatt a németek parancsára a szerzeteseknek el kell hagyniuk a kolostort. 1945-ben a háborúvégén a kolostor súlyos károkat szenved. Viszonylag sértetlenül átvészeli a Lilienfeldi apátság az orosz megszállást. 1976-ban VI. Pál pápa a kolostor templomának bazilika minor címet adományoz. 2002-ben ünnepelte az apátság a fennállásának a 800 évfordulóját.
A nagyon szép és hatalmas kora gótikus templombelsőt barokk oltárokkal és orgonával egészítették ki.